変形労働時間制とは、一定の単位期間における1週間あたりの平均の労働時間が、1週の法定労働時間の範囲内におさまっていれば、1週40時間、1日8時間の法定労働時間を超える労働時間も許容される制度です。
1カ月単位の変形労働時間制
この制度は、労基法32条の2に基づき、労使協定によっても導入することができます。就業規則または労使協定では、単位期間（1ヶ月以内）の起算日を明確にしておく必要があり（労基則12条の2）、法律上、どの日に1日8時間を超えて、或いはどの週に1週40時間を超えて労働させるかの特定が必要です。
各日の始業・終業時刻は就業規則の必要記載事項なので、単位期間における各週・各日の所定労働時間が具体的に定められていなければなりません。
変形労働時間制に則した勤務時間制度に従業員が従う義務があるというためには、労働契約上の根拠が必要であり、就業規則による場合には、合理的な内容であることが必要です。
1年単位の変形労働時間制
この制度は、労使協定の締結が導入要件となっており、就業規則によっては導入することができません。労使協定では、対象となる従業員、対象期間（1ヶ月を超えて1年以内）、対象期間における労働日および労働日ごとの労働時間、有効期間等を定めておく必要があります。
また、対象期間における労働日数の限度、1日・1週の労働時間の限度、連続して労働させる日数の限度について制限が課されています。
（労基法32条の4第2～3項、労基則12条の4第3～5項）
1週単位の非定型的変形労働時間制
この制度は、常時30人未満の従業員を使用する小売業、旅館、料理店および飲食店の事業において、1日に10時間の労働まで許される制度です。（労基法32条の5、労基則12条の5）。この制度も労使協定の締結が導入要件となっており、就業規則の規定だけで導入することはできません。
