フレックスタイム制は、始業時刻および終業時刻の決定を従業員に委ねる労働時間制度です。この制度でも、1ヶ月以内の期間（清算期間）において、1週あたりの労働時間が法定労働時間（40時間）を超えないようにしなければなりません。この枠を超えると、時間外労働になります。
制度の導入にあたっては、就業規則により、始業・終業時刻を従業員の決定に委ねる旨を定める必要があります。その上で、労使協定の締結が必要になり、そこでは、
イ フレックスタイムが適用される労働者の範囲
ロ 1ヶ月以内の清算期間
ハ 清算期間における総労働時間
ニ 標準となる1日の労働時間
ホ コアタイム*の設定やフレキシブルタイムの制限をする場合には、その開始・終了の時刻
を記載しておかなければなりません。
*コアタイム･･･必ず労働しなければならない時間帯
フレックスタイム制では、清算期間ごとに労働時間を総計して、その期間の総労働時間とされていた時間（契約時間）との過不足を清算します。清算期間内の実労働時間が契約時間を下回る場合、「借時間」として次の清算期間に繰り越すことが認められています。
